对经方的理论来源是有争论的，争论的主要原因是，山东中医药大学李心机教授提出的“《伤寒论》研究史上的误读传统”。
有关这个误读传统很多的，第一个就是《伤寒论》的序，说是张仲景自序，有“撰用《素问》《九卷》《八十一难》《阴阳大论》《胎胪药录》并《平脉辨证》”23个字，这23字说张仲景写的，经过考证，是后人加入的。
关于这个说法，李介宾在很早的时候就已经发现了，学中医不能学单纯键盘侠的喷子。
只要熟读了伤寒内容就能理解，里面有什么东西，没什么东西，是能看出来的。
第二种观点认为并非一定是“先有鸡后有蛋”。
如今众多的理论学说，无论是相关教材还是部分文章，都声称中医的所有理论皆源自于《内经》，进而得出先有鸡后有蛋的结论。
其论据在于：张仲景生活在东汉时期，而《内经》成书于春秋战国以及秦汉之际，那时《内经》中的理论已然完备成熟。
如此一来，便顺理成章地孕育出了《伤寒论》这一医学巨著。这种先有鸡后有蛋的理论观点看似合乎逻辑，但实际上仍有待进一步探讨和商榷。
毕竟，一种理论或学说的发展往往不是简单的线性传承关系，而是一个相互影响、相互促进的复杂动态过程。
太理所应当了，就容易忽略了古代客观环境。
古代并不是如同今天这样，刚刚发表的文章，大洋彼岸就能看到了。
今天我们的网络信息化程度能够做到大部分人类文明知识上的共享，但是即使今天，非洲跟南美，甚至中国的一些区域还存在着按照原始生活习俗生活的“人类”。
单纯靠时间线，单线性的去排列前后，并且认为同时代的医学知识是共享的，这是脱离实际的。
更贴合实际的情况是，在宋朝之前，许多医学典籍相关性并不存在继承的关系，更如同诸子百家一般，各路开花。
所以20世纪30年代至90年代，杨绍伊、胡希恕、钱超尘、李茂如等考证，认为此23字是王叔和加入，开启了扭转误读传统的行动。
实际上在这之前及后世众多经方家已经提出了不同的见解，通过仔细研究《伤寒论》原文，认识到《伤寒论》的六经主要理论与《内经》不同。
如宋代高保衡、孙奇、林亿等在宋刻本《伤寒论》序写到:“是仲景本伊尹之法，伊尹本神农本草之经。”
章太炎指出《伤寒论》的六经不同于《内经》之十二经脉之含义，并认为柯氏《论翼》谓经为径界，然仲景本未直用经字；太阳等六篇，并不加经字，犹曰太阳部、阴阳部。
日本人喜多村直宽在《伤寒论疏义》里面提出:“本经(指《伤寒论》)，无六经字面，所谓三阴三阳，不过加以表里寒热虚实之义，固非脏腑经络相配之谓也。”
胡希恕先生明确指出:“《伤寒论》的六经，来自八纲。”
“这是指导我们学习《伤寒论》、读《伤寒论》的主要提纲，对我来说也是影响比较大的，我感触非常深，就像王维的诗一样，‘大漠孤烟直’，这么一个感觉。”说到这里，马教授不禁感叹。
岳美中说过：“重读张仲景的《伤寒论》《金匮要略》，见其察证候而罕言病理，出方剂而不言药性，准当前之象征，投药石以祛疾，直逼实验科学的堂奥。”
《伤寒论》所论六经与《内经》迥异，强合一起只会越讲越糊涂，于读书临证毫无益处。
伤寒大家刘渡舟先生晚年叹曰：“我从仲景本伊尹之法，伊尹本神农之经两个本字中，悟出了中医是有学派之分的，张仲景乃是神农学派的传人。”
注意刘老用的是传人，不是有些人说张仲景发明了辨证论治，张仲景发明了《伤寒论》，或者说一个人撰写了《伤寒论》，他用了传人，传人就是传承经方的人，不是一个人撰写的《伤寒论》。
关于经方的起源，当追溯于上古神农时代，我们的先民们，日常生活中，就用八纲。
认识大自然即用八纲，八纲就是指的表、里、寒、热、虚、实、阴、阳，认识疾病亦用八纲，对药物的认识也要用八纲，八纲是神农时代的基本常识，是道法自然，我们的祖先在神农时代即已应用辨证论治。
说张仲景发明了辨证论治这是不对的，因为我们祖先在神农时代就会用辨证论治，辨证论治起源于神农时代。
台下的众人一个个都神情专注地聆听着，他们或微微仰头，或身体前倾，脸上满是沉醉之色，仿佛被台上所讲述的故事深深吸引住了一般。
有的人还不自觉地点着头，表示对听到的内容十分认同；还有的人则双手抱胸，眼睛微眯，但那聚精会神的模样却表明他也丝毫没有分神。
整个场面异常安静，除了偶尔传来几声轻微的咳嗽声外，就只有从台上飘下来的话语声，而这些声音无一不精准地落入每个人的耳中，让他们听得如痴如醉、津津有味。
马教授继续讲到：“有的说中医理论起源于秦汉，上几个月我还看了一篇文章，说“中医的理论起源于秦汉”，这个我认为是不太妥当的。”
经方来源于神农时代，已经有考证，考古考证来证明。中国社会科学院历史研究员王震中说过，“神农时代大约距今一万年前到五千年前”，这就是在黄帝之前。
我国考古工作者，在1979-1984年对河北省蔚县，发现了一些房屋的形状构造，发掘出6处房屋形制基本相同，房屋都是坐北朝南、半地穴式建筑，这些房屋，都是在生土层上向下挖约40cm，四壁和居住面都用草拌泥进行抹平，然后用火焙烤，居住面平整而又坚硬，火堂位于屋子的中央。
1995年在河北省阳原县姜家梁遗址考证，恰好与考古学上所处的时代，仰韶文化，也就是神农时代是相吻合的，这个地方都在北京的西边，这些考古资料对经方发展史有重大的参考价值。
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